Zastosowanie metody sekwencjonowania nowej generacji (NGS) w badaniach mikrobioty dróg rodnych kobiet
Katarzyna Biegun, k.biegun@uj.edu.pl, Katedra Mikrobiologii, Zakład Molekularnej Mikrobiologii Medycznej, Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum
Agnieszka Sroka-Oleksiak, agnieszka.sroka@uj.edu.pl, Katedra Mikrobiologii, Zakład Molekularnej Mikrobiologii Medycznej, Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum
Wojciech Pabian, mopabian@cyfronet.pl, Oddział Kliniczny Endokrynologii Ginekologicznej i Ginekologii w Krakowie Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicumm, Epimedium – klinika niepłodności w Krakowie
Artur Gurgul, artur.gurgul@urk.edu.pl, Ośrodek Medycyny Eksperymentalnej i Innowacyjnej, Uniwersytet Rolniczy
Monika Brzychczy-Włoch, m.brzychczy-wloch@uj.edu.pl, Katedra Mikrobiologii, Zakład Molekularnej Mikrobiologii Medycznej, Uniwersytet Jagielloński Collegium Medicum
Technologia sekwencjonowania nowej generacji zrewolucjonizowała obecne badania mikrobiomu człowieka. Prowadzone prace mają na celu ustalenie profilu mikrobioty w stanie homeostazy jak i poszukiwanie markerów w przebiegu różnych chorób. W przypadku mikrobioty pochwy zmiany w obrębie jej składu jakościowego i ilościowego mogą doprowadzić do poważnych konsekwencji, szczególnie u kobiet w ciąży i rozwijającego się płodu.
Celem badania była ocena przydatności metody NGS w badaniach mikrobioty pochwy ciężarnych kobiet.
Badaniem objęto grupę 100 pacjentek (Zgoda Komisji Bioetycznej KBET/1072.6120.51.2017). Z pobranych wymazów z pochwy izolowano i amplifikowano bakteryjne DNA, z których przygotowano bibliotekę genomową do sekwencjonowania nowej generacji w platformie MiSeq (Illumina).
We wszystkich badanych próbkach dominujące były bakterie należące do typu Firmicutes (93.02%). Pozostałe bakterie należały do typów Actinobacteria (3,71%), Bacteroidetes (2.35%) oraz Proteobacteria (0,92%). W obrębie typu Firmicutes zdecydowaną większość stanowiły bakterie należące do rodzaju Lactobacillus (L. gasseri – 37,11% oraz L. iners - 34,96%). Z kolei bakterie o potencjalnie patogennym charakterze z rodzaju Streptococcus stanowiły zaledwie 0,95%.
Sekwencjonowanie NGS umożliwia analizę składu mikrobioty, ale do tej pory nie zostało jeszcze wprowadzone do rutynowej diagnostyki mikrobiologicznej ze względu na brak ujednoliconych protokołów analizy bioinformatycznej, która w zależności od zastosowanych baz danych może dostarczać odmiennych wyników identyfikacji gatunkowej.
Finansowanie ze środków NCBR TANGO2/340018/NCBR/2017.