Wielokierunkowa analiza mikrobiomu jelitowego, w tym wiriomu, archeomu, bakteriobiomu i mykobiomu, oraz profilu genetycznego i immunologicznego u pacjentów z nieswoistymi zapaleniami jelit - związek z patogenezą i odpowiedzią na leczenie biologiczne
Kierownik projektu: dr Agnieszka Krawczyk
Okres realizacji: 2026-2030
Rodzaj projektu: OPUS 29
Celem projektu jest kompleksowa analiza mikrobiomu jelitowego u pacjentów z nieswoistymi zapaleniami jelit (NZJ), tj. chorobą Leśniowskiego-Crohna i wrzodziejącym zapaleniem jelita grubego. Analiza obejmie najważniejsze grupy drobnoustrojów: bakterie, grzyby, archeony oraz wirusy. W projekcie zostaną wykorzystane zaawansowane metody sekwencjonowania (nanoporowe i NGS), a dane mikrobiomowe zostaną zintegrowane z analizami genetycznymi i profilem immunologicznym, uwzględniającym aż 96 białek związanych ze stanem zapalnym. Tak szerokie podejście pozwoli lepiej zrozumieć, jak czynniki mikrobiologiczne, genetyczne i immunologiczne wpływają na rozwój NZJ i skuteczność terapii biologicznej.
Projekt ma odpowiedzieć na kluczowe pytania:
- Jak wygląda mikrobiom pacjentów z NZJ? Które mikroorganizmy - w tym wirusy, grzyby, archeony i bakterie, kolonizują jelita chorych i czym różni się ich skład od mikrobiomu osób zdrowych?
- W jaki sposób obecność określonych drobnoustrojów może nasilać stan zapalny lub zaburzać prawidłowe działanie układu immunologicznego?
- Czy konkretne warianty genetyczne sprzyjają zaburzeniu równowagi między gospodarzem a mikrobiomem i zwiększają ryzyko przewlekłego zapalenia?
- Co decyduje o skuteczności leczenia biologicznego - jak połączenie informacji genetycznych, mikrobiomowych i immunologicznych wpływa na to, czy pacjent dobrze reaguje na terapię, czy też jest na nią oporny?
Znaczenie projektu wynika z rosnącej liczby zachorowań na NZJ, coraz cięższego przebiegu tych chorób oraz częstych problemów z nieskutecznością leczenia. Innowacyjnym aspektem jest włączenie do analizy wiriomu, czyli składu wirusów obecnych w jelitach - elementu mikrobiomu, który może mieć istotny wpływ na procesy zapalne, a mimo to wciąż jest słabo poznany.