Ilościowa ocena wybranych czynników etiologicznych zapalenia przyzębia u pacjentów z chorobą miażdżycową z zastosowaniem metody qPCR i ddPCR

Kierownik projektu: lek. dent. Barbara Brzychczy
Okres realizacji: 2024-2025

Uzyskane na podstawie projektu (Zaburzenia mikrobiomu jamy ustnej w przebiegu wybranych chorób układu krążenia, badania własne N41/DBS/000970) wyniki z zastosowaniem sekwencjonowania następnej generacji (NGS) wskazują na obecność bakterii markerowych charakterystycznych dla badanych grup pacjentów, którzy poddani byli zabiegowi endarterektomii: I - pacjenci z chorobą przyzębia, II - pacjenci bez choroby przyzębia. Z uwagi na to, że dane te mają charakter semi-ilościowy i są zawężone jedynie do poziomu rodzaju (wynika to z ograniczenia NGS związanego ze znacznie niższą wiarygodnością dopasowania sekwencji do poziomu gatunku) celem badania będzie zastosowanie znacznie bardziej czułych metod - ddPCR i qPCR do precyzyjnej, ilościowej oceny wybranych gatunków, reprezentujących patogeny jamy ustnej uzyskane na poziomie rodzaju. Amplifikacja bakteryjnego DNA z zastosowaniem ddPCR jest metodą opartą na technologii w pełni ilościowej, co pozwoli na precyzyjne oszacowanie objętości DNA na 2000 kropek w każdej reakcji próbki, co w odróżnieniu od NGS (który daje liczbę jedynie umożliwiającą niewielką liczebność kopii DNA w badanej próbce) pozwoli na precyzyjną ocenę stężenia badanych patogenów w próbkach. Ponadto umożliwi ona uzyskanie niewielkich ilości liczbowych kopii DNA bez konieczności stosowania markerów wzorcowych. Otrzymane w badaniu wyniki z zastosowaniem metody qPCR i ddPCR pozwolą na ocenę stopnia złośliwości obu metod oraz umożliwią analizę korelacji pomiędzy uzyskanymi danymi ilościowymi wybranych wątków patogennych ze wskazaniami klinicznymi. Otrzymane na wybranych grupach materiałów biologicznych wyniki mogą posłużyć jako predyktor stanu klinicznego pacjentów zarówno w jamie ustnej jak i w chorobie miażdżycowej, co stanowić może marker prognostyczny w przyszłości.