Ocena przydatności sekwencjonowania NGS i profilowania mikrobiomu-DynaMAP do analizy zaburzeń składu mikrobioty i identyfikacji patogenów w przebiegu biegunek o nieustalonej etiologii u pacjentów z nowotworami krwi
Kierownik projektu: dr Agnieszka Sroka-Oleksiak
Okres realizacji: 2023-2024
Rodzaj projektu: Miniatura 7
Każdego roku na całym świecie nowotwory krwi są diagnozowane u ponad 900 tys. pacjentów. W Polsce choruje na nie około 150 tys. osób, a liczba ta rok rocznie wzrasta o ponad 6 tys., co przekłada się na dwukrotnie większą zachorowalność w ciągu ostatnich 30 lat. Mimo zaawansowanych metod leczenia nowotworów nadal jednym z najczęstszych problemów klinicznych, są wyniszczające organizm pacjenta biegunki. Niestety, nie zawsze możliwe jest ustalenie ich etiologii, a obecna diagnostyka mikrobiologiczna oparta na hodowlach jest nie wystarczająca. Ograniczenia metod hodowlanych, wynikają głównie z niskiej czułości badania oraz faktu, że od 50-90% mikrobiomu jelitowego stanowią bakterie niehodowlane lub trudne do hodowli na podłożach mikrobiologicznych. Dodatkowym utrudnieniem jest brak jednoznacznych schematów postępowania diagnostycznego. W związku z tym zastosowanie odpowiedniej terapii przy ogólnej immunosupresji pacjentów może stanowić wyzwanie i najczęściej bazuje wyłącznie na objawowym leczeniu. Każdy przypadek biegunki o nieznanej etiologii w grupie pacjentów hematologicznych wymaga indywidualnego podejścia zarówno diagnostycznego jak i terapeutycznego. W oparciu o obecną wiedzę można wnioskować, że biegunki nie tylko są związane z obecnością pojedynczego patogenu, a przede wszystkim wynikają z zaburzenia homeostazy składu i wzajemnych proporcji mikrobioty jelitowej. Dotychczas poza badaniami naukowymi żadne schematy diagnostyczne nie uwzględniają poszerzenia diagnostyki w tym zakresie. W odpowiedzi na powyższe problemy głównym celem działania naukowego będzie identyfikacja czynników etiologicznych biegunek oraz precyzyjne określenie składu i wzajemnych proporcji mikrobiobty jelitowej w przebiegu biegunek u pacjentów hematologicznych przy zastosowaniu sekwencjonowania następnej generacji (NGS) oraz nowatorskiej technologii profilowania mikrobiomu - DynaMAP. Uzyskane wyniki przyczynią się do opracowania nowych, spersonalizowanych schematów diagnostycznych opartych o najnowsze narzędzia biologii molekularnej, co w przyszłości przełoży się na ukierunkowane leczenie i poprawę jakości życia pacjenta.