Szczury, schizofrenia oraz bakteryjny i grzybiczy mikrobiom jelit - badanie pilotażowe z wykorzystaniem sekwencjonowania nowej generacji (NGS)

Kierownik projektu: dr Dominika Salamon
Okres realizacji: 2019 – 2021
Rodzaj projektu: Miniatura 3

Niniejszy projekt badawczy, wykorzystując neurorozwojowy model zwierzęcy schizofrenii  (szczury szczepu Sprague-Dawley), otrzymany poprzez podanie samicom w 17. dniu ciąży metylazoksymetanolu (MAM), który u potomstwa powoduje anatomiczne, funkcjonalne i behawioralne zaburzenia odpowiadające tym obserwowanym u pacjentów ze schizofrenią oraz metody sekwencjonowania nowej generacji (NGS) miał na celu ocenę ilościową i jakościową składu bakteryjnej mikrobioty przewodu pokarmowego i śledziony oraz mykobiomu jelitowego.

Na podstawie wykonanych badań zostały sformułowane następujące wnioski:

1. Różnice na poziomie rodzaju (L6) w profilu bakteryjnym treści dwunastniczej oraz tkanki dwunastnicy między grupą schizofrenii a grupą kontrolną sugerują, że może istnieć związek między konkretnymi gatunkami bakterii a schizofrenią i dotyczy on raczej jelita cienkiego niż jelita grubego.
2. Obecność grzyba z gatunku S.cerevisiae w 100% próbek kału chorej grupy szczurów zdaje się potwierdzać ich związek ze schizofrenią.
3. Obecność materiału genetycznego bakterii w próbkach śledziony może świadczyć o translokacji drobnoustrojów z jelita do tego narządu w związku z uszkodzeniem i wzrostem przepuszczalności ściany jelita.
4. Do powyższych analiz wydaje się lepsza platforma MiSeq, niż iSeq, ponieważ pozwala na szczegółową analizę różnic w składzie mikrobioty badanych próbek, zwłaszcza na poziomie rodzaju i gatunku.

Powyższe działanie naukowe pozwoliło wskazać który materiał biologiczny i jakie narzędzia NGS i bioinformatyczne byłyby najbardziej użyteczne w analizie mikrobiomu i stało się podstawą do opracowania szerzej zakrojonego projektu badawczego, które uzyskało finansowanie NCN (Sonata 17, nr proj. 2021/43/D/NZ5/00469).